1944 őszén Dr. Kis György prépost és a város katolikus papjai engesztelő könyörgéssel fordultak Árpádházi Szent Margithoz, közbenjárását kérve a háborús időben. Felajánlást tettek, hogy a háború után templomot építenek Szent Margit tiszteletére. 1946.10.26-án érkezett Kaposvárra Szent Margit ereklyéje. Rövidesen megindult az adomány- és anyaggyűjtés a tervezett templom javára. Az építkezés 1947-ben indult el. Az ügyintéző Longauer Imre volt. 1950-ben leállt az építkezés, majd 1972-ben Sebestyén József kaposvári apátplébános vezetésével és a hívek segítségével befejeződött az építkezés. A templom felszentelésre kerülhetett.
A templomot Lamping Ottó tervezte, majd
az építkezés vezetését Harsányi Géza vette át. Az épület bauhaus stílust képvisel, a forma kialakításánál a funkció betöltése volt a lényeg. Az épület kereszt alaprajzú, ez azonban kívülről alig észrevehető. Két kis helység ad keresztformát az épületnek. A főbejárat felett látható Szent Margit boltívbe zárt szobra. Az épület nyugati részén kívül látható egy Krisztus feszület, amelyet 1972-ben helyeztek el a templom oldalán. A feszületen ez áll: